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1970年6月24日由縣衛生組、貿易公司、醫藥公司等單位抽調四人籌建制藥廠，地點設在新城鎮六一四路縣醫藥公司倉庫，當時主要生產消暑散、十大功勞片、止血片、枇杷止咳糖漿、風濕酒、鎮痛酊、樟香散等25種中成藥。
1970年8月為適應生產發展的需要，同月縣領導指示，制藥廠從六一四路醫藥倉庫搬遷到古田縣新華路113號。
1970年10月15日，經福安專區（70）韓專草生字第241號文批準，定名為地方國營古田縣中草藥制藥廠。到年底，全廠共有職工24人。
1971年六月古田縣中草藥制藥廠劃歸古田縣工業局管轄，易名古田縣制藥廠。全廠共有職工63人，設有黃連素、中藥、西藥、玻璃四個車間。同時經省衛生局審批生產的品種有粗、精制藥廠黃連素粒、霍香正氣丸、胃得樂、葡萄糖大輸液等十七種藥品，還有處于臨床試驗的補腎丸、安神丸兩種藥品。
1974的本廠除抓產品質量外，還增設生產和藥品檢測設備。在生產上采取了請進來，派出去的辦法，提高工人的生產技術水平和管理人員素質，同時確立黃連素膠丸、枇杷止咳糖漿、風濕酒、氫氧化鋁凝膠作為本廠的定型號產品，同年省衛生廳又批準本廠增產甲紫溶液、磺胺嘧啶混懸劑等七種藥品。
1975年本廠生產的大力克、胃舒平、黃連素針劑等部分藥品被列入省計劃產品。1976年又增產了補血藥、腫節風濕油、注射液等五種片、針劑。
1977的古田縣制藥廠除生產上述產品外，又擴大生產慶大霉素、維生素兩種針劑和復方蝦須藤糖漿及沖劑等四種產品。
1978年按照省化工廳發出的質量考核指標及國家衛生部、化工部、商業部發出的關于藥品衛生標準和國務院轉發的藥政管理條例，本廠對廠房、車間進行無菌檢查、改善生產條件，把提高產品質量作為企業頭等大事。主要產品黃連郅治的成品率88%提高到97%。同年本廠的部分藥品被譽為列入國家計劃，并且還增產苯甲醇、50%葡萄糖兩種針劑。
1980年9月，古田制藥廠按照上級布置，進行為期限一年的整頓工作，經省、地、縣驗收合格，發給生產許可證。同年本廠又增產了安乃近、維生素B12等5種新產品。
1980年本廠增添了安瓿灌封機、壓片機、顆粒機等多臺先進的制藥設備。增置了電光分析天平、酸度計等藥品檢測儀器，以保證產品質量的提高和擴大生產新產品的需要。
1982年9月國家衛生部發出“關于公布淘汰127種藥品的通知”，本廠立即停止了鹽酸黃連素針、三磺乳劑兩種藥品的生產、銷售工作。為了彌補生產中突然出現的一大空白點，開始狠抓硫酸慶大霉素的生產和銷售工作，使硫酸慶大霉素的產量由1981年的545萬支猛增到1982年的1360萬支。這一年雖然出現了生產的突然變化，但由于本廠產品應變能力強，并增加生產復方板蘭根、撲爾敏兩種針劑。
1983年6月由縣財政貸款20元，企業自籌5萬元，對原針劑車間進行改造，著手擴建 一座2050平方米的針劑生產車間，
同年又擴大出口生產魚腥草、維生素K、氯化鉀等八種針、片劑。
1985年古田制藥廠在嚴格組織制訂企業內部各項經濟責任制度和生產管理制度的同時，根據市場藥品需求的發展趨勢，積極移植和試制新產品。這一年本廠又推出了板蘭根針、復方新諾大明片等十種新產品。
1986年古田制藥廠擁有固定資產803000元，建筑面積9061平方米，全廠職工260人，是一個具有較大生產規模和較先進的生產技術的企業。全廠有中針、小針、片劑、飲料、紙盒、機修等6個車間，生產品種由建廠初期的十五種中草藥散、丸劑、少量的針劑發展到1986年的56種針、片、酊水劑、乳劑、沖劑。產品成品率從1975年的87%提高到99%，生產專用設備和檢測儀器有142臺，基本實現機械化和半機械化生產。
1987年古田制藥廠落實經濟承包責任制，加強成本核算和企業管理，年完成工業總產值631.59萬元，實現利潤101.9萬元，達到歷史最好水平，成為我縣重點工業企業，為我縣經濟發展作出了很大貢獻。
1995年經過股份制改造更名為：福建古田藥業有限公司，改制四年來，公司生產經營穩步發展，生產規模日益擴大，1998年公司主營業務收入7500萬元，主營業務利潤225萬元，稅費總額218萬元。1999年搬遷新址——原古田苧麻廠西山廠區，位于福建省寧德市古田縣城東北路1號，占地面積20畝，加之在廠區南面擴征的30畝，使廠區總用地面積達到50畝，同年6月26日，舉行 “GMP”技改異地遷建項目開工奠基儀式，由福建省石油化學工業設計院精心設計，合理布局建成了擁有現代化式的園林工廠。
2001年通過GMP整體認證成為福建省首批GMP認證驗收示范企業。員工750多名。經高中級技術人員38名。省衛生廳批準的生產品種98個。
2002年2003年連續兩年被評選為寧德市市級工業企業市級扶持的重點企業，受到縣委、縣政府及社會各界人士的關心支持和幫助。
2003年1月，公司深化改革，實施國有股有序退出、職工置換身份等工作。
2004年被國家食品藥品監督管理局確認為一類精神藥品（鹽酸氯胺酮注射液）定點生產企業。2005年榮獲福建省“百家重點企業”稱號，2006年榮獲“福建省******信用企業” 稱號，并連續多年榮獲“全國守合同重信用單位”及省、市“重合同守信用單位”稱號。
2009年獲國家知識產權局關于“勾兌銀耳啤酒”的發明專利證書。
2013年10月公司通過體制創新，成為經營靈活的民營企業，善于將挑戰化為機遇,將風險化為效益。以董事長黃永平為首的企業經營領導班子，著力于“以人為本”的企業文化建設，尊重技術、崇尚技能在公司中已蔚然成風，為公司發展和壯大奠定了堅實的基礎。
2014年公司小容量針劑車間通過GMP認證。
2015年公司中藥車間通過GMP認證。
2019年10月，福建古田藥業有限公司與廣東盛泰華生物制藥有限公司強強聯手投資8億元人民幣設立生物科技制藥項目，項目占地面積約200畝，其中一期建設用地約82畝，主要建筑物面積75000平方米，其中廠房50000平方米、車間10000平方米、相關配套設施15000平方米，采用先進提取工藝，購置提取罐、貯罐、雙效濃縮器、真空干燥箱、空調機組、冷凍機組、超濾系統等設備。項目采取雙效節能措施，建成后年用電量300萬千瓦時，年綜合能源消費量12000噸標準煤，主要生產氨基酸系列藥品、保健品、小容量注射劑、中藥注射劑、口服固體制劑等,年產2000噸精氨酸原料藥，達到國家重點藥品生產先鋒。項目建成后，可實現年生產總值5億元以上，年稅收1億元以上，引進中高端人才100人以上，招收就業人員1000人以上。公司有望在將來5年內在主板上市。
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